Khayalan gelap mengikuti seorang murid kelas dua SMA yang bernama Akihito Kanbara. Meskipun berwujud manusia, sebenarnya dia setengah youmu dan kebal dari luka karena ia dapat menyembuhkan diri dengan cepat. Suatu hari, Akihito bertemu dengan seorang siswa baru Mirai Kuriyama tepat saat Mirai ingin loncat dari atap sekolah. Mirai dikucilkan karena kemampuannya yang mampu mengendalikan darah, dimana hal itu merupakan kemampuan langka diantara anggota dari dunia roh. Hal yang menggelisahkan dimulai setelah Akihito menyelamatkan Mirai.